Jujukan baharu diadaptasi daripada jujukan sedia ada dan bukannya dicipta. Domain ialah bahan biasa yang digunakan oleh alam semula jadi untuk menjana jujukan baharu; ia boleh dianggap sebagai unit mudah alih genetik, dirujuk sebagai ːmodul". Selalunya, terminal C dan N domain adalah berdekatan, membolehkan ia mudah "dimasukkan ke" struktur induk semasa proses evolusi. Banyak keluarga domain ditemui dalam ketiga-tiga bentuk kehidupan, arkea, bakteria dan Eukarya.[31] Modul protein ialah subset domain protein yang ditemui merentasi pelbagai protein yang berbeza dengan struktur yang sangat serba boleh. Contoh boleh didapati antara protein ekstrasel yang dikaitkan dengan pembekuan, fibrinolisis, pelengkap, matriks ekstrasel, molekul lekatan permukaan sel dan reseptor sitokin.[32] Empat contoh konkrit modul protein meluas ialah domain berikut: SH2, imunoglobulin, fibronektin jenis 3 dan Kringle.[33]

Evolusi molekul menimbulkan keluarga protein berkaitan dengan jujukan dan struktur yang serupa. Walau bagaimanapun, persamaan jujukan boleh menjadi sangat rendah antara protein yang berkongsi struktur yang sama. Struktur protein mungkin serupa kerana protein telah menyimpang daripada leluhur yang sama. Sebagai alternatif, beberapa lipatan mungkin lebih bercenderung daripada yang lain kerana ia mewakili susunan stabil struktur sekunder dan beberapa protein mungkin menumpu ke arah lipatan ini sepanjang tempoh evolusi. Pada masa ini, terdapat kira-kira 110,000 struktur 3D protein yang ditentukan secara eksperimen yang disimpan dalam Bank Data Protein (PDB).[34] Walau bagaimanapun, set ini mengandungi banyak struktur yang serupa atau hampir sama. Semua protein harus dikelaskan kepada keluarga struktur untuk memahami hubungan evolusi mereka. Perbandingan struktur paling baik dicapai pada peringkat domain. Atas sebab ini, banyak algoritma telah dibangunkan untuk menetapkan domain secara automatik dalam protein dengan struktur 3D yang diketahui.[perlu rujukan]

Pangkalan data domain CATH mengkelaskan domain kepada kira-kira 800 keluarga lipatan; sepuluh daripada lipatan ini memiliki banyak ahli, dan dirujuk sebagai "lipatan super". Lipatan super ditakrifkan sebagai lipatan yang mana terdapat sekurang-kurangnya tiga struktur tanpa persamaan urutan yang ketara.[35] Jenis lipatan yang paling banyak ahlinya ialah lipatan super balang α/β seperti yang diterangkan sebelum ini.